R群体遗传学-绘制小区域采样点图

盛夏的剩下

盛夏的剩下

2021-04-20

做群体遗传研究,少不了采样点作图。一般做图常用ArcGIS。这里推荐一种用R语言快速绘制采样点图的简单方法。

适用范围:不愿意安装ArcGIS,平常写个报告,做个组会PPT等偷懒情况。

library(ggmap)library(ggplot2)loc<-read.csv("RHOLOC1.csv") #采样点文件 我的是 species/ pop /lat / lon  my_location <- c(100,24,115,35) # 给定区域 myMap <- get_map(location=my_location, # get_map 截取给定区域的图                 color="color",                 maptype="terrain",                 source="google",                  zoom = 6) # zom越大 视野越大ggmap(myMap)+geom_point(aes(x = lon, y = lat,color=species), data = loc, alpha = 1, size=3)+            labs(x="Longitude(°)",y="Latitude(°)")+            theme(axis.title.x = element_text(size = 12),                  axis.title.y = element_text(size = 12),                  axis.text.x = element_text(size = 10.5),                  axis.text.y = element_text(size = 10.5))+                   scale_color_brewer(palette = "Paired")+                  scale_fill_brewer(palette = "Paired")# ggmap可以结合ggplot2联用,这对于一些ggplot2狂热粉用户可以说是个很好的工具  ggsave("sampling.png",dpi = 1200) # 保存,dpi=1200 感觉分辨率不太行,如  # 果发文章,分辨率估计差点意思,当然有些期刊,对分辨率没啥要求,是个图就行

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